Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data édition 2023

Suite au succès de l'édition 2021 du Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data, les CATIs DIISCICO et CODEX organisent la deuxième édition, en résidentiel au Cap d’Agde, du mardi 10 au vendredi 13 octobre. 

Cette édition est organisée avec le soutien des CATIs PROSODIe, Empreinte, BARIC, SysMics, GEDEOP, de la DipSO et du réseau MathNum IN-OVIVE.

Localisation

• Azureva Cap d'Agde
• Coordonnées GPS N 43° 17' 38" - E 3° 31' 14"
• transport et accès:
  • En voiture : Autoroute A9 et A75
  • En train : Gare TGV d'Agde
  • En avion: Aéroport de Béziers et Montpellier
  • Bus local : arrêt Ambonne

Objectif

L’objectif du projet INRAE Semantic Linked Data est de renforcer et rendre plus visibles les efforts de la communauté INRAE sur les volets Web sémantique et données liées en organisant un nouveau point sur les développements récents et en cours. Cette action permet également d’assurer la montée en compétence du collectif par un nouveau partage d’expériences.

Le séminaire d’octobre permettra notamment de poser les premières briques pour l’élaboration d’un « data book » ayant pour objectif de :

• décrire dans un même ouvrage une sélection de SI intégrés dans le workflow “du génome à l’assiette” développés au sein d’INRAE sachant que certains de ces SI n’ont jamais fait l’objet de présentation écrite détaillée,
• mettre à disposition en Open Access des ressources associées (jeux de données, ontologies, algorithmes, codes, …) ;

Ce data book donnera une visibilité plus grande à l’échelle internationale des travaux réalisés par la communauté INRAE et ses partenaires.

Programme

Mardi 10 octobre

• 14h-14h15 : Présentation du séminaire et des experts invités - Présentation
• 14h15-15h45 : Exposés ANR D2KAB (15' + 15 ' de questions et discussions)   
  • Clément Jonquet : AgroPortal - a vocabulary and ontology repository for agronomy and related domains - Présentation
  • Sophie Aubin : Publier des alignements entre vocabulaires avec le standard SSSOM - Présentation
  • Catherine Faron : Description et interrogation de l'écosystème de graphes de connaissances D2KAB - Présentation

15h45-16h05 : Pause

• 16h05-17h35 : Exposés (15' + 15 ' de questions et discussions) 
  • Sophie Aubin, François-Xavier Sennesal et Magalie Weber : Vocabulaires ouverts, triple store et thésaurus INRAE - Présentation
  • Pascal Neveu : Représentation en RDF de variables scientifiques - Présentation 
  • Arnaud Charleroy : Centre de ressources pour faciliter la production et l’usage de données FAIR - Présentation

19h30 : apéritif d’accueil

20h15 : Dîner

Mercredi 11 octobre 

• 9h-10h30 Exposés : Agriculture et sciences du végétal Exposés (15' + 15 ' de questions et discussions)
  • Integrating and querying heterogeneous datasets with AskOmics: the DeepImpact case study, Mateo Boudet - Résumé - Présentation
  • Manual Validation of Automatic Annotation build by AlvisAE: Plant Health Bulletin Use Case, Marine Courtin et Stéphan Bernard - Résumé - Présentation
  • MetaSaurus : Towards FAIR metabolomics analyses, Olivier Filangi, Marie Lefebvre - Résumé - Présentation

10h30-10h50 : Pause

• 10h50-11h50 Exposés (15' + 15 ' de questions et discussions) 
  • Ontology mapping for wheat trait information management, Claire Nédellec - Résumé - Présentation
  • PO2/TransformON: a new domain ontology to integrate data on food and bioproducts engineering in a circular and sustainable approach, Magalie Weber - Résumé - Présentation

12h : Déjeuner

• 14h-15h30 Exposés (15' + 15 ' de questions et discussions)
  • Linking heterogeneous data from model plant species in a graph database, Johann Confais et Nicolas Francillonne - Résumé - Présentation
  • Milling itineraries dataset for a collection of crop and wood by-products and granulometric properties of the resulting powders, Patrice Buche - Résumé - Présentation
  • Production of PHA based on bio-products, Patrice Buche et Magalie Weber - Résumé
  • Biocomposites from poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) and lignocellulosic fillers: Processes stored in data warehouse structured by an ontology, Mélanie Münch - Résumé - Présentation

15h30-15h50 : Pause

• 15h50-16h50 : Exposés (15' + 15 ' de questions et discussions)
  • CO2 solubility and composition data of food products stored in data warehouse structured by an ontology, Mélanie Münch - Résumé - Présentation

17h00 -Fin de la session - Balade au Cap d’Agde

19h30 : Apéritif

20h15 : Dîner

Jeudi 12 octobre 

• 9h-10h30 Exposés : Santé et environnement (15' + 15 ' de questions et discussions)
  • Creating a comprehensive framework for leveraging meta-omic data in environmental biotechnology processes, Emilie Fernandez - Résumé - Présentation
  • BIOPAX explorer, François Moreews - Résumé - Présentation
  • FORVM: a Knowledge Graph to decipher associations between metabolites and diseases, Olivier Filangi - Résumé - Présentation

10h30-10h50 : Pause

• 10h50-12h
  • Specialization of the Process and Observation Ontology (PO2) with the Environmental Biorefinery Ontology (EBO) for experimental process data, Virginie Rossard - Résumé
  • Atelier 1 : Comment améliorer les dispositifs favorisant l’exploration et la découverte des datasets

12h : Déjeuner

• 14h-15h30
  • Atelier 2: Comment relier les jeux de données présentés par identification des chemins de liage à élaborer pour relier les datasets

15h30-15h50 : Pause

• 15h50-17h
  • Restitution des ateliers

19h00 : Animation musicale et apéritif

20h15 : Dîner

Vendredi 13 octobre

• 9h-10h30 : Ateliers sur la production du DataBook en sous groupes :
  • “Objectif aide à la découverte” (cf question 1 du Jeudi),
  • “Objectif zéro silo” (cf question 2 du Jeudi)

10h30-10h50 : Pause

• 10h50-12h : Restitution des ateliers et feuille de route
• 12h-12h30 : Conclusion

12h30 : Déjeuner